Chomiki karłowe naturalnie unikać wody, a zanurzanie może być niebezpieczne. Ich mały rozmiar sprawia, że są narażone na szybkie zmiany temperatury, a mokre futerko może doprowadzić do wychłodzenia. Choć sami się pielęgnują i mogą lubić kąpiele w piasku, zmuszane lub długie kontakty z wodą należy unikać, by chronić ich zdrowie i bezpieczeństwo.