Widoczność struktur komórkowych podczas mikroskopii może być ograniczona przez kilka czynników:
- Ograniczenia rozdzielczości: Niektóre struktury są zbyt małe, by zostały rozdzielone.
- Przygotowanie próbki: Fiksacja, barwienie i cięcie mogą wprowadzać artefakty lub zmieniać struktury.
- Techniki barwienia: Nieobarwione lub słaboobarwione elementy mogą być niewidoczne.
- Ograniczenia obrazowania: Oświetlenie, kontrast i ostrość wpływają na jakość obrazu.
- Głębia ostrości: Struktury poza płaszczyzną ostrości wyglądają rozmycie.
- Grubość próbki: Nakładające się warstwy mogą zasłaniać struktury głębsze.
- Przenikalność błon: Niektóre kompartamenty komórkowe ograniczają dostęp barwników.
- Dynamika komórkowa: Składniki przemijające trudno uchwycić w konkretnym momencie.
Zaawansowane techniki, takie jak mikroskopia konfokalna, super-rozdzielcza czy elektronna, znacznie poprawiły możliwość obserwacji drobnych elementów komórkowych.