Pingwiny cesarskie stają przed wieloma zagrożeniami, które stawiają je na granicy wyginięcia:
Utrata siedliska
Topnienie lodów morskich z powodu zmian klimatycznych gwałtownie zmniejsza miejsca legowiska i polowania pingwinów cesarskich.
Śmiertelność jaj i piskląt
Zrzedzanie lodów zwiększa ryzyko zgniecenia lub utopienia jaj i piskląt.
Zmniejszanie się zasobów pożywczych
Zmiany klimatyczne wpływają na obfitość kryla – kluczowego pożywienia pingwinów cesarskich i ich ofiar – co ogranicza dostępność pokarmu.
Połowictwo i inne działalności ludzkie
Ludzie zakłócają kolonie pingwinów przez połowy, turystykę i badania naukowe, zwłaszcza w wrażliwych okresach legowania i gniazdowania.
Zanieczyszczenie plastikiem
Pingwiny cesarskie mogą połykać odpadów plastikowych w oceanie podczas poszukiwania pożywienia, co prowadzi do problemów zdrowotnych i niższej przetrwaności.
Wypadki chorób i pasożytów
Zmiany klimatyczne mogą zmieniać dynamikę ekosystemów i narażać pingwiny na nowe choroby lub pasożyty, do których nie są przystosowane, co prowadzi do spadku populacji.
Konkurencja od innych gatunków
Z utratą lodów i zmieniającymi się ekosystemami pingwiny cesarskie mogą stać przed wzmożoną konkurencją o pożywienie i miejsca legowiska od innych gatunków, co nasila zagrożenia.