1. Afryka subsaharyjska (39 krajów we wschodniej, środkowej, południowej i zachodniej Afryce):
- Angola
- Benin
- Botswana
- Burkina Faso
- Burundi
- Kamerun
- Republika Środkowoafrykańska
- Chad
- Demokratyczna Republika Konga
- Republika Konga
- Wybrzeże Kości Słoniowej
- Etiopia
- Gabon
- Gambia
- Ghana
- Gwinea
- Gwinea-Bissau
- Kenia
- Liberia
- Madagaskar
- Malawi
- Mali
- Mauritania
- Mozambik
- Namibia
- Niger
- Nigeria
- Rwandada
- Senegal
- Sierra Leone
- Somalia
- Republika Południowej Afryki
- Sudan Południowy
- Sudan
- Tanzania
- Togo
- Uganda
- Zambia
- Zimbabwe
2. Afryka Północna (2 kraje):
- Egipt
- Sudan (część Afryki Północnej)
Należy zauważyć, że chociaż krokodyle z Nilu zajmują rozległy region w Afryce, ich dystrybucje w określonych krajach mogą się różnić i niekoniecznie obejmują cały obszar. Niektóre obszary mogą mieć bardziej obfite populacje i odpowiednie siedliska niż inne. Ponadto trinds lokalnej populacji i wysiłki na rzecz ochrony mogą wpływać na obecność i rozmieszczenie krokodyli Nilu.