Krokodyle gęste to drapieżniki szczytowe (apex) w swoim ekosystemie – mają bardzo niewielu naturalnych drapieżników. Wyjątki:
- Większe krokodyle: większe osobniki okazjonalnie polują na mniejsze, zwłaszcza młode. To kanibalizm.
- Duże węże: pythony siatkowate znane z zabijania i zjedzenia młodych krokodyli gęstych.
- Inni drapieżnicy szczytowi: rzadko rekiny (duże rekiny byka) mogą polować na młode krokodyle w estuariach.
Te przypadki są nieczęste. Większość krokodyli gęstych umiera z przyczyn naturalnych: choroby, starzenie. Możliwa też interwencja ludzka: regulowane polowanie.