Drapieżnicy
Pingwiny cesarskie mają naturalnych wrogów: foki leopardowe, orki i wielkie burzyce, które mogą zabić dorosłe osobniki, pisklęta i jaja.
Zmiany klimatu
Zmiany klimatu to jedno z największych zagrożeń. Z ciepłeniem Ziemi lód morski, od którego pingwiny zależą przy lęgowaniu i żerowaniu, topnieje, sprawiając, że tracą domy i źródła pożywienia.
Aktywność ludzka
Rybołówstwo może wyczerpywać ich zasoby pożywienia, zanieczyszczenie skaża środowisko, a turystyka może zakłócać kolonie lęgowe.
Działania ochronne
Obejmują tworzenie obszarów chronionych, ograniczanie rybołówstwa w rejonach pingwinów, czyszczenie zanieczyszczeń i edukację o znaczeniu pingwinów cesarskich.