Mechowce pęcherzykowate zamieszkują różne środowiska słodkowodne, w tym stawy, jeziora, rzeki, bagna i torfowiska. Najczęstsze w wodach kwaśnych i ubogych w składniki odżywcze. Niektóre gatunki rosną też w środowiskach lądowych, jak łąki mokre i torfowiska.