Potencjalni naturalni drapieżniki nosorożca jawińskiego to tygrysy, leopardy, krokodyle, niedźwiedzie i hyeny. Jednak zagrożenia ludzkie są znacznie poważniejsze. Nosorożce jawińskie poluje się na mięso, skórę i rogi używane w medycynie tradycyjnej. Utrata siedlisk przez wycinkę, rolnictwo i rozwój usuwa ich tropikalne domy lasowe. Biczowanie na rogi sprzedawane na czarnym rynku pozostaje krytycznym zagrożeniem.
Nosorożec jawiński to jeden z najbardziej zagrożonych gatunków na świecie, z szacunkowo 67 osobnikami pozostałymi w naturze.