Nosorożce jawińskie są zagrożone wyginięciem z powodu kombinacji czynników:
1. Utrata i fragmentacja siedlisk
Wyrębnianie lasów i fragmentacja siedlisk ogranicza przestrzeń życia i uniemożliwia przepływ genów.
2. Braconnictwo
Popyt na róg nosorożca w medycynie tradycyjnej oraz wysokie ceny na czarnym rynku napędzają braconnictwo.
3. Konflikty z ludźmi
Konkurencja o zasoby i zemsty zabijania, gdy nosorożce stają się agresywne.
4. Inne czynniki
Choroby, zmniejszone zróżnicowanie genetyczne oraz wpływ zmian klimatycznych.
Nosorożec jawiński jest krytycznie zagrożony – pozostało mniej niż 100 osobników, występujących wyłącznie w Parku Narodowym Ujung Kulon w Indonesji. Prace ochronne trwają, ale gatunek wciąż jest narażony na wysokie ryzyko wyginięcia.