Zapach obornika pochodzi z gazów powstających przy rozkładzie materii organicznej. Do nich należą siarczan wodoru, metan, amoniak i lotne związki organiczne (LZO).
Siarczan wodoru ma silny, drażniący zapach i powstaje w warunkach beztlenowych. Amoniak ma ostry zapach i uwalnia się przy rozkładzie materii bogatej w azot. LZO łatwo parują i nadają charakterystyczne zapachy.
Intensywność zapachu zależy od rodzaju obornika, temperatury i wilgotności. Dieta bogata w białko i ciepłe, wilgotne warunki przechowywania zazwyczaj dają silniejsze zapachy. Choć zapach obornika może być uciążliwy, obornik pozostaje cennym nawozem przy odpowiednim zarządzaniu.