Populację bandykota pustynnego trudno oszacować ze względu na jego tajemniczą naturę i trudności w inwentaryzacji surowych, odległych siedlisk. Badania i działania ochronne wskazują:
- Utrata i fragmentacja siedliska: Przemiana traw pustynnych i płaskowyżów na rolnictwo, urbanizację i górnictwo drastycznie wpłynęła na gatunek.
- Ograniczony zasięg: Występuje głównie w pustynnych regionach Australii Zachodniej i Terytorium Północnego, co czyni go wrażliwym na zagrożenia.
- Drapieżnictwo i konkurencja: Dzikie koty i lisy polują na nie, a króliki i wielbłądy konkurują o pożywienie i zasoby.
- Działania ochronne: Obszary chronione, kontrola drapieżników, renowacja siedlisk, edukacja społeczności.
Szacunki populacji wahają się od kilkuset do kilku tysięcy osobników w zależności od obszaru badań, ale mogą nie odzwierciedlać całego zasięgu. Bandykot pustynny jest wpisany jako „wrażliwy” (VU) przez IUCN.