Kormorany mają kilku naturalnych wrogów, m.in.:
- Ptaki morskie: Mewy, rybitwy i skui mogą nękać i polować na kormorany, zwłaszcza młode.
- Drapieżniki: Orły, jastrzębie i sokoły polują na kormorany po jedzenie.
- Ssaki morskie: Foki, lwy morskie i orki znane są z polowania na kormorany.
- Ryby i bezkręgowce: Duże ryby i ośmiornice mogą napaść na gniazda i polować na jaja i pisklęta.
- Ludzie: Kormorany są polowane dla mięsa i piór w niektórych regionach świata.