Filipiński orzeł, podobnie jak wszystkie inne ptaki, ma płuca jako narządy oddychające/oddechowe. Ich proces oddychania polega na wymianie tlenu i dwutlenku węgla między atmosferycznym powietrzem bogatym w tlen a krwioodprętem orła. Układy oddechowe ptaków są wysoce wydajne i dostosowane do aktywnego, wysokoenergetycznego stylu życia i wymagań lotu.