Orzeł filipiński, jak wszystkie ptaki, ma płuca jako narządy oddechowe. Proces oddychania to wymiana tlenu i dwutlenku węgla między tlenem z atmosferycznego powietrza a krwią orła. Układ oddechowy ptaków jest wysoce wydajny i zaadaptowany do aktywnego, wysokiego zużycia energii trybu życia oraz wymagom lotu.