W łysych orłach pierwotnymi narządami wydalniczymi są nerki. Nerki odgrywają istotną rolę w filtrowaniu substancji odpadów, takich jak mocznik i kreatynina, z krwioobiegu. Te produkty odpadowe są następnie transportowane do Cloaca, która jest wspólną komorą dla układów trawiennych, moczowych i reprodukcyjnych. Z Cloaca produkty odpadowe są eliminowane z organizmu w postaci moczu.
Oprócz nerek wątroba odgrywa również znaczącą rolę w detoksykacji i eliminacji odpadów metabolicznych w łysych orłach. Wątroba przekształca substancje toksyczne w mniej szkodliwe formy, które można następnie wydalić bardziej wydajnie. Wątroba odgrywa również rolę w produkcji żółci, która pomaga w trawieniu tłuszczów i eliminowaniu produktów odpadowych przez kał.