Orły łuskie, jak wszystkie organizmy, wykorzystują proces życiowy zwany egzkrecją, by zapobiegać gromadzeniu się odpadów metabolicznych. Egzkrecja usuwa produkty odpadowe z organizmu.
Nerki filtrowają mocznik i kreatyninę z krwiobiegu, kierując odpady do kłowy do usunięcia jako mocz. Wątroba też odtruje szkodliwe substancje i produkuje żółć, pomagając usuwać odpady z kałem.