Tak, orły białogłowe mają kilku naturalnych wrogów, w tym inne ptaki drapieżne, duże ssaki drapieżne i niektóre gady. Orły złote, puszczyki uhu, jastrzębie gonie i krzyniółki czerwone mogą atakować orły białogłowe. Niedźwidzie, wilki, kojoty i pumy mogą polować na jaja, pisklęta lub dorosłe osobniki. Duże węże i aligatorzy mogą polować na jaja i pisklęta w pobliżu wód.
Jednak ludzkie zagrożenia – niszczenie siedlisk, polowanie, zanieczyszczenia – są istotne. Działania ochronne i ochrona prawna są kluczowe dla przeżycia populacji orłów białogłowych.