Wśród ptaków ofiar, które stanowią zagrożenie dla łysych orłów, są złote orły, wielkie rogatowane sowy, północne jastrzębie i jastrzębie. Te drapieżniki mogą atakować i zabijać łyse orły za jedzenie lub bronić własnych terytoriów.
Jeśli chodzi o duże ssaki mięsożerne, łyse orły mogą napotykać zagrożenia ze strony niedźwiedzi, wilków, kojotów i lwów górskich. Te drapieżniki mogą celować w jaja łysego orła, pisklęta, a nawet dorosłych orłów, jeśli znajdą taką okazję.
Ponadto niektóre gady, takie jak duże węże i aligatory, mogą poluzować jaja łysego orła i młode pisklęta, jeśli ich gniazda są bezbronne i położone w pobliżu zbiorników wodnych lub bagnach.
Warto jednak zauważyć, że działania związane z ludźmi, w tym niszczenie siedlisk, polowanie i zanieczyszczenie, stanowią znaczące zagrożenie dla łysych orłów i innych przyrody. Wysiłki ochronne i ochrona prawna mają kluczowe znaczenie dla zachowania populacji łysego orła i łagodzenie tych zagrożeń wywołanych przez człowieka.