Pingwiny żółtooce stają przed wieloma zagrożeniami:
- Utrata siedlisk: rozwój przybrzeżny i wycinka lasów degradują miejsca lęgowe i żerowe.
- Zakłócenia przez ludzi: żeglowanie, rybołówstwo i rekreacja stresują lęgowe ptaki.
- Drapieżnictwo: wprowadzone kune, szczury, psy i koty niszczą gniazda i zabijają pingwiny.
- Choroby: epidemie rozprzestrzeniają się szybko w małych populacjach o ograniczonej różnorodności genetycznej.
- Zmiany klimatyczne: wznoszące się morza, burze i zmieniające się prądy wpływają na pożywienie i miejsca lęgowe.
- Połów przyboczny: pingwiny toną w sieciach rybackich.
- Konkurencja: gatunki inwazyjne konkurowają o pożywienie i miejsca lęgowe.
Ochrona wymaga zachowania siedlisk, kontroli drapieżników, zarządzania chorobami i działań na rzecz klimatu.