Fregaty są blisko szczytu łańcucha pokarmowego i mają niewielu tradycyjnych drapieżników, bo są duże i zwinne.
Potencjalne zagrożenia:
* Większe drapieżne ptaki: Orły czy jastrzębie mogą chwycić pisklęta lub osłabione osobniki.
* Ludzie: Utrata siedliska, zanieczyszczenia, przyłów w rybołówstwie to realne zagrożenia.
* Pasożyty: Roztocza, weszki, pasożyty jelitowe mogą osłabiać zdrowie.
* Burze i pogoda: Skrajne zjawiska powodują kontuzje lub śmierć.
Ogólnie fregaty są dobrze przystosowane, a większe zagrożenia płyną z działalności ludzkiej i okazjonalnych drapieżników.