Nietoperze i papugi należą do odrębnych grup ze względu na fundamentalne różnice ewolucyjne. Oto kluczowe powody:
Anatomia: Nietoperze to ssaki ze specyficzną budową szkieletową: skrzydła powstawają z przekształconych kończyn przednich i palców połączonych błonami. Papugi to ptaki z dziobami, kończynami przednimi przystosowanymi do lotu piórami i innym układem szkieletowym.
Rozmnażanie: Nietoperze rodzą żywe młode po ciąży, karmią mlekiem – są żyworodne. Papugi składają twarde jaja, nie mają gruczołów mlecznych – są jajorodne, typowo dla ptaków.
Poruszanie się: Nietoperze latają skrzydłami, dysponując specjalnymi adaptacjami jak błona między palcami (patagium). Papugi też latają, ale mają mocne nogi z chwytającymi palcami do siedzenia na gałązkach.
Dieta: Nietoperze wykazują zróżnicowane odżywianie: owadożerne, owocowe, mięsożerne, a nawet krewiożerne. Papugi są głównie roślinożerne: jedzą owochy, orzecha, nasiona, sporadycznie owady lub nektar.
Siedlisko: Nietoperze zamieszkują jaskinie, lasy, tereny miejskie. Papugi preferują strefy tropikalne i subtropicalne: gęste lasy, zaroża, sawanny.
Echolokacja: Nietoperze słyną z echolokacji – emisji ultraszczelowych dźwięków do nawigacji i polowania w mroku. Papugi nie posiadają prawdziwej echolokacji.
Te fundamentalne różnice w anatomii, rozmnażaniu, locomocji, diecie, siedlisku i echolokacji stanowią silne podstawy biologiczne do oddzielnej klasyfikacji nietoperzy i papug.