Koty andyjskie (Leopardus jacobita) są zagrożone z powodu kombinacji czynników.
Utrata i fragmentacja siedliska
* Pasztorstwo niszczy pune (trawiaste stepy), ich główne siedlisko.
* Górnictwo miedzi i złota fragmentuje krajobraz i degraduje środowisko.
* Zmiany klimatyczne zmieniają ekosystem pune, wpływając na roślinność i ofiary.
Polowanie i łapanie
* Nielegalne braconierstwo na futra zdarza się, choć nie jest głównym zagrożeniem z powodu trudno dostępnego siedliska.
* Drugorędne zatrucia rodentycydami stosowanymi do kontroli gryzoni mogą zabić koty andyjskie.
Inne zagrożenia
* Konkurencja od gatunków wprowadzonych, np. kotów domowych.
* Choroby, w tym wścieklizna i wirus leucemii kotów.
* Niska różnorodność genetyczna przez małe, izolowane populacje.
Kot andyjski uważany jest za jednego z najrzadszych kotów dziczych na świecie. Działania ochronne obejmują ochronę siedlisk, edukację społeczności, patrolowe antywapowe i badania, ale potrzeba więcej działań na rzecz długoterminowego przetrwania.