Definiowanie gatunków na podstawie skrzyżowania jest trudne zastosowane do organizmów jednokomórkowych z kilku powodów.
Rozmnażanie Bezpłciowe
Wiele organizmów jednokomórkowych rozmnaża się bezpłciowo, tworząc potomstwo genetycznie identyczne z rodzicem. W takich przypadkach skrzyżowanie i wymiana materii genetycznej między osobnikami są nieistotne.
Brak Jasnych Granic
Populacje jednokomórkowe często wymieniają materię genetyczną przez mechanizmy jak koniugacja, transformacja lub transdukcja. Procesy te mogą zachodzić między genetycznie zróżnicowanymi osobnikami, utrudniając wyznaczenie wyraźnych granic gatunkowych tylko na podstawie skrzyżowania.
Poziomy Transfer Genów
Poziomy transfer genów jest powszechny wśród organizmów jednokomórkowych, pozwalając genom przemieszczać się między odlegle spokrewnionymi gatunkami. Może to wprowadzać nowe cechy i różnorodność genetyczną, dalej komplikując definicje gatunków oparte na skrzyżowaniu.
Szybka Ewolucja
Krótkie pokolenia i wysokie wskaźniki mutacji prowadzą do szybkiej ewolucji w wielu populacjach jednokomórkowych. Z czasem genetycznie odległe osobniki mogą stać się niezdolne do skrzyżowania, rozmywając granice gatunków jeszcze bardziej.
Ponieważ pojęcie gatunku jest ostatecznie konstruktem ludzkim, badacze badający życie jednokomórkowe zazwyczaj opierają się na kombinacji danych genetycznych, fenotypowych i ekologicznych, a nie tylko na skrzyżowaniu, by delimitować granice gatunków.