Psy rasowe pochodzą z znacznie węższego genopolu niż mieszańce. Zazwyczaj hoduje się je tylko z psami tej samej rasy. Wąski genopol może nasilać niepożądane cechy u szczeniaków, bo szansa, że obaj rodzice noszą zmutowane lub recesywne geny, jest duża. Takie geny często zawierają problemy zdrowotne, choć mechanizm nie jest w pełni znany.
Problemy zdrowotne z powodu budowy ciała
Najbardziej oczywiste: schorzenia wynikające z przesadnego kształtu rasy. Np. kawaler króla Karola spaniel często robi głowę zbyt małą na mózg. Mopsy, pekińczyki, boston teriery i inne psy brachicefaliczne (płaskolicowe) mają problemy z oddychaniem – zbyt małe nozdrza i drogi oddechowe. Jamniki i psy z długim grzbietem i krótkimi nogami mają problemy kręgosłupowe.
Problemy zdrowotne genetyczne
Wiele chorób nie objawia się do momentu, gdy szczeniak trafi do domu. Przenoszone genetycznie. Choroby ze silnym składnikiem genetycznym: padaczka, postępujące zapadanie siatkówki, dysplazja biodrowa. Niektóre rzadkie, ale nieśmiertelne: syndrom niebieskiego dobermana (mutacja koloru/alopekcja) – psy w kolorystyce niebieskiej/fawnej (dobermany, włoskie charty, irszy setery) tracą sierść. Hodowcy próbują eliminować te cechy kastrując chore psy. Np. Orthopedic Foundation for Animals certyfikuje psy wolne od dysplazji biodrowych.
Problemy behawioralne
Psy rasowe hodowano do konkretnych funkcji: pasterstwa, walki z psami. Cech te nie wyhodowano. Jeśli pies hodowano do walki (rasy buldogowe), może potrzebować nadzoru przy innych psach. Psy pasterskie i myśliwskie hodowano do ciągłej aktywności – bez dużo ruchu mogą mieć złośliwe tendencje. Psy pasterskie w szczególności zbierają ludzi/dzieci w dominujący, groźny sposób – to ich instynkt.