Małe alkonosty to małe ptaki morskie żywiące się głównie zooplanktonem, małymi rybami i bezkręgowcami. Dieta zależy od pory roku i lokalizacji.
W sezonie lęgowym jedzą głównie zooplankton: kopepody, amfipody, kryl. Też drobne ryby (np. piasecznik) i inne bezkręgowce (męczenniki, krewetki).
Zimą, gdy zooplankton mniej dostępny, przełączają się na drobne ryby: lodowca, piasecznik, śledź. Też bezkręgowce.
Małe alkonosty to oportunistyczne żerowce – wykorzystują każdy dostępny pokarm. Znamy przypadki jedzenia owadów, jagód, a nawet małych ssaków.