Według IUCN kilka gatunków pingwinów sklasyfikowano jako zagrożone lub krytycznie zagrożone. Przykłady:
- Pingwin skoczny północny: Zagrożony niszczeniem siedliska, nadłowem i zmianami klimatu.
- Pingwin afrykański: Zagrożony utratą siedliska, zbieraniem jaj, zanieczyszczeniem i nadłowem.
- Pingwin żółtooczny: Krytycznie zagrożony przez utratę siedliska, drapieżność i zakłócenia ludzkie.
- Pingwin z Fiordlandii: Zagrożony degradacją siedliska, drapieżnikami i zmianami klimatu.
- Pingwin z Galapagos: Dotknięty niszczeniem siedliska, konkurencją i zmianami dostępności pożywienia.
- Pingwin z wysp Snares: Zagrożony przez wprowadzone drapieżniki (szczury, koty).
- Pingwin żołędziowy: Zagrożony przez wprowadzone drapieżniki i degradację siedliska.
- Pingwin puchaty północny: Zmniejszanie się populacji przez niszczenie siedlisk, nadłów i zmiany klimatu.
Trwają działania ochronne mające na celu ochronę siedlisk i redukcję zagrożeń antropogenicznych.