Główne zagrożenia dla flamingów chilijskich to:
- Utrata siedlisk: Działalność ludzka – górnictwo, rolnictwo, urbanizacja – niszczy ich środowisko.
- Polowanie: Na mięso, pióra i jaja.
- Zanieczyszczenia: Zanieczyszczenia z górnictwa, rolnictwa i odpadów ludzkich.
- Zmiany klimatu: Ocieplenie zmienia siedliska, czyniąc je mniej przyjaznymi.
Flaming chilijski to gatunek narażony (VU) z malejącą populacją. Bez interwencji może zagrożąć mu wyginięcie w przyszłości.