Brazylijski leniwiec trójpalczasty odnotowuje spadki populacji z kilku powiązanych przyczyn:
Zniszczenie siedliska
Naturalne siedlisko to tropikalne lasy deszczowe Ameryki Południowej. Wycinka lasów alarmująca, zwłaszcza przez hodowlę bydła, rozwój infrastruktury i ekspansję rolnictwa. Z kurczącym się siedliskiem maleje zdolność leniwców do przetrwania i rozkwitania.
Polowanie i handel zwierzętami domowymi
Mimo ochrony prawniej w niektórych krajach, nielegalne polowanie nadal zagraża. Braconierzy polują na leniwców z tytułu mięsa (ujedzą mięso leniwca). Leniwce też ofiarami nielegalnego zbierania do handlu zwierzętami domowymi – usuwa osobniki z natury i pozbawia ich właściwej opieki.
Naturalni drapieżnicy
Duże koty jak jaguary mogą okazjonalnie polować na leniwców. Ale przez utratę siedliska leniwce mogą wędrować do nieznanych obszarów, stając się łatwiejszymi celami.
Wolny temp rozmnażania
Leniwce charakteryzują się wolnym tempem rozmnażania. Samice rodzą pojedyncze młode raz na 1,5–4 lata. Długie dojrzewanie dalsze wydłuża czas odbudowy populacji. Kurczące się siedlisko i zasoby ograniczają konkurencję o partnerów, pożywienie, miejsca gniazdowe, limitując rozmnażanie.
Łącząc utratę siedliska, polowanie i handel, wolne rozmnażanie i efekt fragmentacji na rozmnażanie, przetrwanie i ogólną kondycję, populacja brazylijskiego leniwca trójpalczastego spiralnie dąży do potencjalnie devastujących liczb.