Dzięcioł cesarski od 1994 r. na Czerwonej Liście IUCN jako Zagrożony. Podjęto kilka prób powstrzymania zagrożenia:
Ochrona siedlisk
Rząd Meksyki utworzył obszary chronione w zasięgu dzięcioła: Park Narodowy Sierra de San Pedro Mártir i Rezerwata Biosferyczna El Vizcaíno, dając ochronę prawną przed wycinką i degradacją.
Programy budkowe
Zainstalowano skrzynki gniazdowe w niektórych rejonach, by dostarczyć dodatkowych miejsc legowych, tam gdzie naturalne znikały lub były mało.
Hodowla w niewoli
Programy hodowlane utrzymują żywotną populację na wypadek upadku dzikiej. Uzyskano potomstwo, które wypuszczono do natury.
Edukacja i świadomość
Organizacje i urzędy prowadzą kampanie edukacyjne o dzięciole i zagrożeniach, budując poparcie społeczne.
Mimo wysiłków dzięcioł cesarski wciąż jest zagrożony. Utrata siedlisk, dróbka i zmiany klimatu dalej grożą jego przetrwaniu, ale trwające działania ochronne są kluczowe dla długoterminowego przetrwania.