Pingwiny cesarskie mają kilku naturalnych wrogów:
- Foki leopardowe: Główni drapieżnicy atakujący pingwiny przemieszczające się między koloniami a oceanem.
- Orki: Drapieżniki szczytowi polujący na pingwiny w otwartej wodzie.
- Skua: Drapieżne ptaki celujące w jaja i pisklęta w pobliżu kolonii.
- Petygi olbrzymie: Duże ptaki morskie zjadające jaja i pisklęta.
- Foki słoniowe południowe: Rzadko polują na pingwinów cesarskich.
- Petygi śnieżne: Mogą kraść beznadzorowe jaja lub pisklęta.
- Niedźwiedzie polarne: Rzadko spotykają pingwiny, ale mogłyby je polować przy okazji.
Pingwiny cesarskie bronią się czujnością, gęstymi grupami i silnymi umiejętnościami pływania. Ekstremalna antarktyczna pogoda ogranicza niektóre drapieżniki w sezonie legowym.