Pingwiny królewskie (Aptenodytes patagonicus) należą do rzędu Sphenisciformes. Ich najbliższym krewnym jest pingwin cesarski (Aptenodytes forsteri), ich gatunek bliźniaczy. Inni krewni w rodzinie Spheniscidae to:
- Pingwin złocisty północny (Eudyptes moseleyi)
- Pingwin złocisty (Eudyptes chrysolophus)
- Pingwin królewski (Eudyptes schlegeli)
- Pingwin z Snares (Eudyptes robustus)
Te gatunki dzielą ewolucyjne powinowactwa w ramach rodziny pingwinowatych.