Trudno wskazać jeden gatunek "najbardziej zagrożony", bo poziom zagrożenia zależy od kryteriów i regionu. Kilka gatunków jest jednak krytycznie zagrożonych i stoi przed ekstremalnie wysokim ryzykiem wyginięcia.
Krytycznie zagrożone nietoperze
Nietoperz owcowy marianowski: Endemiczny dla Wysp Marianowskich, zagrożony utratą siedliska i polowaniem.
Nietoperz owcowy rodrygueski: Rodzimy na wyspie Rodrigues, silnie dotknięty niszczeniem siedliska i inwazyjnymi drapieżnikami.
Nietoperz trąbek (Kitti's Hog-nosed Bat) / Bumblebee Bat: Jeden z najmniejszych ssaków świata, w Birmie i Tajlandii, zagrożony utratą siedliska i zakłóceniami ludźmi.
Wiele innych gatunków nietoperzy cierpi z powodu niszczenia siedlisk, zmian klimatu i chorób. Wysiłki ochronne są kluczowe dla ratowania nietoperzy i ich niezbędnych ról ekologicznych: zapylania i kontrolowania owadów.