Pod koniec Shadow the Hedgehog, Black Doom zostaje pokonany i wrzucony do Czarnej Komety, która następnie zostaje zniszczona. Jednak później okazuje się, że Black Doom przeżył i teraz planuje zemstę na Cieniu i reszcie świata.
W sequelu Sonic the Hedgehog (2006) Black Doom powraca jako główny antagonista. Przewodzi inwazji na świat ludzi i próbuje użyć Szmaragdów Chaosu do zasilania broni zwanej Działem Zaćmienia. Cień i jego przyjaciele są w stanie powstrzymać Black Dooma i zniszczyć Działo Zaćmienia, ale sam Black Doom ucieka.
Ostateczny los Czarnego Dooma jest nieznany, ale jest prawdopodobne, że zginął podczas zniszczenia Czarnej Komety. Mógł jednak również przeżyć i potencjalnie powrócić w przyszłej grze.