Kojoty to drapieżnicy szczytowi z niewielu naturalnymi wrogami, ale niektóre zwierzęta polują na nie, zwłaszcza młode lub słabe osobniki:
Drapieżnicy kojotów
- Większe psowate: Wilki – polują na kojoty w obszarach wspólnych.
- Niedźwiedzie: Czarne i grizzly – mogą zabić i zjeść kojota, zwłaszcza młode.
- Pumy (lwy górskie): Polują na kojoty w nakładających się terytoriach.
- Duże ptaki drapieżne: Orły złote i puszczyki zwyczajne – potrafią zrzucić młodego/słabego kojota.
- Inne kojoty: Czasem zabijają i jedzą siebie nawzajem przy braku jedzenia lub sporach terytorialnych.
Inne czynniki wpływające na populacje
Częściej kojoty giną przez: działalność ludzi (utrata siedlisk, wypadki drogowne, polowanie), choroby (parwowirus, wścieklizna, zarazka), konkurencję z ryjsami, lisami, psami domowymi.
Mimo drapieżników, kojoty są wysoce adaptacyjne i odporne – przetrwają w różnych środowiskach i przy obecności ludzi.