Kojoty to drapieżniki szczytowe z bardzo małą liczbą naturalnych wrogów, ale niektóre zwierzęta na nich polują:
- Większe psowate: Wilki, tam gdzie zasięgi się nakładają
- Niedźwiedzie: Czarne i grizzlie
- Lwy górskie (pumy): Wystarczająco silne, by zrzucić dorosłego kojota
- Ludzie: Przez polowanie, pułapki, wypadki drogowe
- Inne kojoty: Drapieżność wewnątrzgatunkowa przy niedoborze pokarmu lub rywalizacji terytorialnej
Konkretni drapieżnicy zależą od lokalizacji i czynników środowiskowych.