W przeciwieństwie do bydła mięsnego (tylko 5% unasiennianych sztucznie), większość bydła mlecznego i cielnic unasienniana jest sztucznie. Korzyści są liczne: skrócenie sezonu cielienia, redukcja transmisji chorób rozrodczych, eliminacja trzymania byków, eliminacja dodatkowych pastwisk unasienniania i szybka poprawa pożądanych cech w stadzie. Niestety, metoda ta ma też zagrożenia: błędy w depozytowaniu nasienia, transmisja chorób, rozpowszechnianie wad genetycznych i płytkie bazy genetyczne.
Błąd w umiejscowieniu nasienia
To jedno z największych zagrożeń. Każda strzałka nasienia to duża inwestycja, a nieprawidłowo przeprowadzone unasiennienie daje małą lub żadną szansę na ciążę. Niewyqualifikowani operatorzy mogą włożyć strzałkę zbyt głęboko, przebijając ścianę macicy, co poza marnowaniem nasienia i cyklu estralnego grozi infekcją macicy.
Transmisja chorób
Choć prawidłowo przeprowadzone unasiennienie często redukuje transmisję chorób, nisterylne procedury, błędy operatora i warunki środowiskowe mogą sprawić, że unasiennienie sprzyja transmisji – zarówno między krowami, jak i od krowy do cielęcia. Najlepszym sposobem na redukcję ryzyka jest utrzymywanie maksymalnej sterilności i dokładne czyszczenie sprzętu między użyciami. Metryty i niepłodność to ryzyka złej sanitaryzacji.
Rozpowszechnianie wad genetycznych
Unasiennienie sztuczne jest tak powszechne, że jednym z największych dzisiejszych zagrożeń jest szybkie rozpowszechnianie wad genetycznych. Gdy byki nie zostały dokładnie zbadane pod kątem chorób genetycznych, a mają pożądane cechy, ich nasienie może dać potomstwo z tymi samymi wadami.
Płytkie bazy genetyczne
Większość krow mlecznych unasienniana jest przez małą pulę wyżnych ojców. Stałe używanie małej puli ojców z czasem zmniejsza różnorodność genetyczną ras bydła mlecznego.