Wpływ na środowisko
Marykultura może szkodzić środowisku przez zanieczyszczenie odchodami ryb i niedojadami, niszczenie siedlisk, rozprzestrzenianie chorób, konkurencję z rybami dzikimi o pokarm i zasoby, gromadzenie się metali ciężkich i toksyn.
Wybuchy chorób
Hodowle ryb są wrażliwe na choroby. Typowe problemy: infekcje bakteryjne, wirusowe, pasożytnicze, grzybowe, powodujące poważne straty ekonomiczne.
Ucieczki
Uciekinierzy z hodowli mogą krzyżować się z populacjami dzicymi, zmniejszając różnorodność genetyczną. Konkurowają z dzikimi rybami o pokarm i siedlisko.
Wysokie koszty produkcji
Uruchomienie i prowadzenie marykultury to duże koszty: pasza, sprzęt, praca, pozwolenia, ubezpieczenia.
Konkurencja rynkowa
Ryby hodowane muszą konkurować z dzikim łowem. To może obniżać ceny i utrudniać opłacalność.
Bezpieczeństwo żywności
Niektóre ryby hodowane mogą zawierać wysokie poziomy zanieczyszczeń (metale ciężkie, pestycydy), zagrażające zdrowiu konsumentów.