* Skóra: Skóra jest domem dla wielu mikroorganizmów, w tym bakterii, grzybów i wirusów. Mikroorganizmy te pomagają chronić skórę przed infekcjami i uszkodzeniami, a także odgrywają rolę w regulowaniu temperatury i poziomu nawilżenia skóry.
* Drogi oddechowe: Drogi oddechowe są pokryte śluzem, który wychwytuje mikroorganizmy i uniemożliwia im przedostanie się do płuc. Jednakże niektóre mikroorganizmy mogą nadal przedostawać się przez śluz i powodować infekcje, takie jak zapalenie płuc i oskrzeli.
* Przewód pokarmowy: Przewód pokarmowy jest domem dla dużej liczby mikroorganizmów, w tym bakterii, grzybów i pierwotniaków. Mikroorganizmy te pomagają trawić żywność, wchłaniać składniki odżywcze i wytwarzać witaminy. Odgrywają także rolę w ochronie przewodu pokarmowego przed infekcjami.
* Droga moczowo-płciowa: Układ moczowo-płciowy jest domem dla wielu mikroorganizmów, w tym bakterii, grzybów i wirusów. Drobnoustroje te mogą powodować infekcje, takie jak infekcje dróg moczowych i choroby przenoszone drogą płciową.
* Krew: Krew jest zwykle sterylna, ale może zostać zakażona mikroorganizmami w przypadku pęknięcia skóry lub wykonania zabiegu medycznego.
U bydła:
* Żwacz: Żwacz to duży, przypominający worek organ znajdujący się w żołądku krowy. Jest domem dla dużej populacji mikroorganizmów, w tym bakterii, grzybów i pierwotniaków. Mikroorganizmy te pomagają rozkładać materiał roślinny i przekształcać go w składniki odżywcze, które krowa może wchłonąć.
* Siateczka: Siateczka to mały organ przypominający plaster miodu, który znajduje się obok żwacza. Zawiera także dużą populację mikroorganizmów, które pomagają rozkładać materiał roślinny.
* Omasum: Omasum to trzecia komora żołądka odpowiedzialna za wchłanianie wody i składników odżywczych z jelita grubego. Zawiera również populację mikroorganizmów, ale nie tak liczną jak żwacz i siateczka.
* Abomasum: Trawiec to prawdziwy żołądek krowy. Wydziela enzymy trawienne, które rozkładają białka i tłuszcze. Nie zawiera wielu mikroorganizmów.
* Jelita: Jelita są odpowiedzialne za wchłanianie składników odżywczych z przewodu pokarmowego. Zawierają także populację mikroorganizmów, które pomagają rozkładać składniki odżywcze i wytwarzać witaminy.
* Kał: Kał jest produktem ubocznym trawienia. Zawierają dużą liczbę mikroorganizmów, w tym bakterie, grzyby i pierwotniaki.