Teoria ewolucji miała głęboki wpływ na sposób, w jaki gatunki są klasyfikowane. Przed pojawieniem się teorii ewolucyjnej gatunki sklasyfikowano na podstawie ich fizycznych podobieństw, z niewielkim względem ich relacji ewolucyjnych. Jednak teoria ewolucyjna wprowadziła pojęcie wspólnego pochodzenia, która stwierdza, że wszystkie żywe organizmy pochodzą od wspólnego przodka. Doprowadziło to do opracowania klasyfikacji filogenetycznej, która grupuje gatunki oparte na ich związkach ewolucyjnych, a nie na podobieństwach fizycznych.