Specjacja, proces powstawania nowych gatunków, może zachodzić, gdy populacje stają się izolowane geograficznie. Może to nastąpić na kilka sposobów:
- Dryf kontynentów: Gdy kontynenty odchodzą od siebie, niegdyś połączone populacje mogą zostać rozdzielone. Uważa się, że to wyjaśnia rozmieszczenie workowców w Australii i Ameryce Południowej.
- Wikaryancja: Bariera fizyczna, taka jak łańcuch górski lub rzeka, dzieli populację, prowadząc do specjacji allopatrycznej. Może to wyjaśniać rozdzielenie gatunków jeleń Ameryki Północnej i Południowej przez Isthmus Panamy.
- Dyspersja: Osobniki przesuwają się do nowego obszaru i zakładają nową populację, czasem przenoszone przez wiatr, wodę lub mosty lądowe. Uważa się, że to wyjaśnia przodków hawajskich medonosnych.
- Zmiana klimatu: Przesuwające się klimaty mogą fragmentować siedliska, utrudniając krzyżowanie i potencjalnie prowadząc do specjacji. Może to przyczynić się do podziału afrykańskich słoni na podgatunki sawannowe i leśne.