Zooplankton jako całość nie jest zagrożony. Składa się z zróżnicowanej grupy małych zwierząt wodnych w wielu siedliskach. Niektóre gatunki mogą doświadczać lokalnych spadków przez zanieczyszczenia lub niszczenie siedlisk, ale to problemy zlokalizowane, nie wpływające na wszystkie populacje zooplanktonu.