Gatunki zagrożone
Kilka gatunków zwierząt w Parku Narodowym Sequoia jest federalnie wymienionych jako zagrożone, w tym ryjek Sierra Nevada, lis Sierra Nevada i kondor kalifornijski.
Gatunki narażone
Park jest też domem dla gatunków narażonych, takich jak żuraw piaskowy i kukułka zachodnia.
Lis Sierra Nevada
Jeden z najbardziej charyzmatycznych zagrożonych gatunków parku, lis Sierra Nevada jest przystosowany do lasów wysokogórskich i zależy od gęstej roślinności jako krycia i miejsca wychowywania młodych. Strata i fragmentacja siedliska przez wycinkę, rozwój i gaszenie pożarów przyczyniły się do jego spadku. Dziś szacuje się, że zostało mniej niż 500 osobników.
Kondor kalifornijski
Kondor kalifornijski, największy lądu ptak latający w Ameryce Północnej z rozpiętością skrzydeł do 2,7 m, to inny zagrożony gatunek w parku. Kiedyś uznany za wymarły w naturze w latach 80., kondory zostały przywrócone dzięki udanemu programowi hodowli w warunkach sztucznych. Obecnie ponad 500 żyje w wolności.
Działania ochronne
Park Narodowy Sequoia współpracuje z U.S. Fish and Wildlife Service, California Department of Fish and Wildlife i organizacjami ochrony przyrody, by monitorować i chronić te gatunki. Środki obejmują odbudowę siedlisk, kontrolę gatunków inwazyjnych, redukcję konfliktów człowiek-przyroda i edukację publiczną.