Ekosystem lasów morskich traw wspiera zróżnicowane społeczności planktonu, w tym fitoplankton i zooplankton. Częste typy to:
- Okrzemki: jednokomórkowe glony z powłokami krzemionkowymi, producenci pierwotni
- Dinoflagellaty: jednokomórkowe pierwotniaki, mogą być fotosyntetyczne lub heterotroficzne
- Kopépody: małe skorupiaki żerujące na fitoplankcie i cykliczne składniki odżywcze
- Eufauzjidy: znane jako kryl, krewetkopodobne skorupiaki żerujące na planktonie, pożywienie dla większych zwierząt
- Formy larwalne: larwy planktoniczne ryb, jeżowców morskich i innych organizmów morskich
Skład planktonu zmienia się z pór roku, temperaturą, składnikami odżywczymi i interakcjami gatunkami. Te społeczności stanowią fundament sieci pokarmowej lasów morskich traw.