- bezpośrednio: Manaty są czasami polowane na jedzenie, olej i części ciała. Można je również przypadkowo zabić, gdy zostaną uwikłani w sprzęt wędkarski lub śmigła łodzi.
- Utrata i degradacja siedlisk: Manaty polegają na płytkich, ciepłych wodach z obfitą trawą morską do jedzenia i schronienia. W miarę opracowywania siedlisk przybrzeżnych do użytku mieszkalnego i komercyjnego obszary te są utracone i degradowane, co utrudnia przetrwanie manatów.
- Zanieczyszczenie wody: Manaty są wrażliwe na zanieczyszczenie, które mogą wejść do ich ciał poprzez spożycie lub wchłanianie skóry. Zanieczyszczenia, takie jak pestycydy, nawozy, olej i ścieki, mogą powodować chorobę i śmierć w manatach.
- Ruch naczynia: Manaty mogą być uderzane i zabijane przez łodzie. Są szczególnie podatne na obrażenia z dużych, szybko poruszających się naczyń, takich jak statki towarowe i łodzie motorowe.
Oprócz tych bezpośrednich ludzkich przyczyn śmierci na manaty mają również wpływ zmiany klimatu, które mogą zakłócać ich dostawy żywności i uczynić je bardziej podatnymi na choroby.