Naturalne drapieżniki:
* aligatory i krokodyle: Duże gady stanowią zagrożenie, zwłaszcza dla cieląt i nieletnich.
* Sharks: Choć nietypowe, niektóre gatunki rekinów, zwłaszcza rekiny byków, są znane z ataków manatów.
* duże ryby: Duże ryby, takie jak Barracuda, mogą poluzować na manatach, choć jest to rzadkie.
Zagrożenia ludzkie:
* kolizje łodzi: Najważniejszym zagrożeniem dla manatów są zderzenia z łodziami, które mogą powodować poważne obrażenia i śmierć.
* utrata siedliska: Zniszczenie siedlisk przybrzeżnych z powodu rozwoju i zanieczyszczenia jest głównym czynnikiem spadku ludności w manatach.
* splątanie: Manaty mogą uwikłać się w sprzęt wędkarski lub inne zanieczyszczenia, co prowadzi do obrażeń i utonięcia.
* polowanie (historycznie): W przeszłości Manates były polowane na mięso i olej, ale ta praktyka jest teraz w dużej mierze zabroniona.
Należy zauważyć, że chociaż manaty mają naturalne drapieżniki, największe zagrożenie dla ich przetrwania pochodzi z działalności człowieka.