Warany wariancowe stoją przed wieloma zagrożeniami:
- Utrata siedliska: Rolnictwo i ekspansja miejska zmniejszyły i zfragmentowały ich zasięg.
- Nielegalne polowanie i braconierstwo: Polowane na mięso, skórę, medycynę tradycyjną i handel zwierzętami domowymi.
- Zmiany klimatyczne: Zmieniają temperaturę, opady, dostępność pożywienia i cykle rozmnażania.
- Drapieżnictwo i konkurencja: Koty i lisy dziko żyjące polują na nie; inne drapieżniki rywalizują o pożywienie.
- Niewystarczająca ochrona prawna: Słabe egzekwowanie pozostawia je narażone na eksploatację.