Cechy karlików wśród koni miniaturowych wahają się od łagodnych do ciężkich, dzieli się na trzy główne typy. Hodowcy i właściciele koni miniaturowych powinni znać cechy karlowatości, by eliminować ryzyko urodzenia karlika. Choć niektórzy karliki żyją normalną długość życia, większość nie – i wymaga lat specjalistycznej opieki weterynaryjnej. Każdy koń miniaturowy wykazujący cechy karlowatości powinien zostać wyeliminowany z puli hodowlanej.
Karliki achondroplastyczni
Najmniej dotknięci fizycznie. Cechy: skrócone nogi z głową większą niż normalnie. Wyglądają jak jamniki – długie grzbiety, krótkie nogi. Wady kończyn: skolne skoki, krowie skoki, wywodzone palce. Żyją dłużej, nie mają tak ciężkich problemów jak inne typy. Badania Johna Ebertha (ramblinroseranch.com): potranek z cechami achondroplazii "musi otrzymać każdą kopię genu od obojga rodziców".
Karliki diastroficzni
Cięższa forma karlowatości. Wady kręgosłupa: grzbiet kokoczy lub skręcony kręgosłup. Przerostowe głowy z wypukłym czołem i bardzo krótkim szyjnym. Często głowa dłuższa niż szyja. Ciężkie wady kończyn – nogi wyglądają na skręcone. Możą mieć przewlekłe problemy zatokowe. Częsty problem: wdychanie paszy do zatok, co powoduje zapalenie zatok.
Karliki brachiocefaliczni
Główna cecha: skrajnie przerostowa głowa z wypukłym czołem. Nostry zniekształcone, zwrócone do góry. Głowa może wyglądać na zgniecioną. Wady kończyn (np. skolne skoki). Częste zapalenia zatok, silny podwysz lub "pyszka małpy", utrudniające żucie siana i paszy. Oba typy (brachiocefaliczny i diastroficzny) mogą mieć przerostowe narządy płciowe. Ponieważ narządy wewnętrzne mają normalny rozmiar, karliki mają duże, wybulowane brzucha.
Karliki o minimalnym wyrazie (minimal expression)
W ostatnich latach kontrowersje wokół terminu "minimal expression". Wielu hodowców używa go dla koni z subtelnymi cechami: sklepione czoło, krótka szyja, bez innych widocznych znaków. Wielu uważa, że to oznaka bycia nosicielem genu karlowatości bez pełnego wyrazu fenotypowego. John Eberth nie zgadza się – to często po prostu znaki słabo zbudowanego konia miniaturowego, niezwiązane z karlowatością.