Nie ma pojedynczego genu odpowiedzialnego za wszystkie zmiany ubarwienia konia. Kolor sierści to wynik złożonych interakcji wielu genów.
Kluczowe geny: Extension (czarny/czerwony pigment), Agouti (rozkład pigmentu), Cream (rozjaśnienie), Dun (znaki prymitywne), Champagne (rozjaśnienie + kolor oczu), Gray (postępujące posiwienie). Geny wzorców: Leopard Complex, Sabino – plamy, rumienie.
Zrozumienie ubarwienia konia wymaga znajomości konkretnej kombinacji alleli dla każdego genu. Ta złożoność czyni genetykę ubarwienia koni fascynującym polem badań.