Konie mogą cierpieć na alergie podobnie jak ludzie. Jedną z powszechnych jest alergia na użądlenia owadów: komarów, much, muchówek, co może wywołać nadwrażliwość na użądlenia owadów – od łagodnego świądu po silne obrzęki.
Inne alergie koni mogą dotyczyć reakcji na pewne pokarmy (np. rośliny motylkowate, trawy), alergeny środowiskowe jak pyłki czy pleśnie, a także niektóre leki lub preparaty do pielęgnacji.
Strategie zarządzania: unikanie alergenów, antyhistaminy, immunoterapia (stopniowe dawkowanie małych dawek alergenu, by zmniejszyć wrażliwość).