1. Rozmiar: Samce sikorek czubatych są zazwyczaj nieco większe od samic, mają dłuższy ogon i większą głowę.
2. Zabarwienie: Samiec sikorki czubatej ma jaśniejsze i bardziej żywe ubarwienie niż samica. Głowa samca jest czarna, a samicy matowoszara. Grzbiet samca jest jaśniejszy, niebieski, podczas gdy u samicy jest bardziej matowy, szaroniebieski. Boki samca są również jaśniejsze, rdzawe niż u samicy.
3. Zachowanie: Samce sikorek czubatych częściej śpiewają i popisują się niż samice. Są również bardziej skłonne do agresji w stosunku do innych samców.
4. Genetyka: Płeć sikorki czubatej można również określić na podstawie genetyki. Samce sikorek czubatych mają dwa chromosomy Z, podczas gdy samice sikorek czubatych mają jeden chromosom Z i jeden chromosom W.
Łącząc te metody, można dokładnie określić płeć sikorki czubatej.