Konie Nokota mogą występować w różnych odmianach kolorystycznych:
- Czarne: Najczęstszy kolor futra koni Nokota.
- Brązowe: Rzadki, ale naturalnie występujący kolor.
- Grullo: Wariacja genu dun dająca szarowato-myszowy odcień z brązowymi nogami i pasem grzbietowym.
- Dun: Żółtawy kolor z prymitywnymi znakami, np. pasem grzbietowym.
- Bawół (Bay): Rdzawobrązowy kolor; bawołowe Nokota często nazywane "claybankami".
- Red dun/sorrel: Wariacja genu dun dająca rdzawobrązowy odcień.
- Rawny (Roan): Mieszanka włosów kolorowych i białych, dająca szarą lub rdzawą poświatę z nasłonem bazowego koloru.
- Smokey black: Ciemniejsza wariacja dun dająca ciemnobrązowy/czarny kolor z jaśniejszymi, dymnymi końcówkami grzywy, ogona, nóg i brzucha.