Tak, okapi i koń są daleko spokrewnione. Oba należą do rzędu Parzystokopytne (Perissodactyla), w którym są konie, nosorożce i tapiry. Wspólny przodek żył ok. 55 mln lat temu.
Mimo to ewoluowały w zupełnie inne gatunki. Okapi jest bliżej spokrewnione z żyrafą niż z koniem.