W zdrowym akwarium nie powinno być wykrywalnego poziomu amoniaku. W nowo założonym zbiorniku obecność amoniaku oznacza, że akwarium nie przeszło prawidłowo procesu "cyklowania" (dojrzewania). W dojrzałym akwarium amoniak może pojawić się, jeśli zbiornik ma zbyt duży bioload (ilość żywych organizmów), filtracja mechaniczna jest uszkodzona lub wymaga czyszczenia, albo jeśli ostatnio wymieniono zbyt dużo materiałów filtrujących lub podłoża (żwir lub piasek na dnie).
Cyklowanie azotowe
Cyklowanie to proces, w którym korzystne bakterie rozwijają się w podłożu, na roślinach, skałach i w materiałach filtrujących. Te bakterie tworzą filtr biologiczny akwarium, który przekształca toksyczny amoniak w mniej szkodliwe azotyny, a następnie azotany. Zazwyczaj cyklowanie trwa od dwóch tygodni w górę w pustym zbiorniku, ale proces ten można przyspieszyć, dodając wodę, podłoże lub materiały filtrujące ze zdrowego, dojrzałego akwarium.
Amoniak
Amoniak powstaje z odchodów ryb oraz z niespożytego, gnijącego pokarmu i roślin. Jest silnie toksyczny dla ryb. Akwarium z odpowiednią ilością filtracji biologicznej i mechanicznej dla danego bioloadu szybko przekształci amoniak w mniej szkodliwe związki. W każdym sklepie zoologicznym z działem akwarystycznym dostępne są zestawy do testowania amoniaku.
Azotyny
Amoniak jest przekształcany w azotyny przez korzystne bakterie żyjące w podłożu i materiałach filtrujących. Wysoki poziom azotynów może wskazywać na konieczność zwiększenia filtracji (mechanicznej lub biologicznej) lub zmniejszenia ilości dawkowanego pokarmu.
Azotany
W trzecim etapie cyklu azotowego bakterie przekształcają azotyny w azotany, które są mniej toksyczne od amoniaku i azotynów. Azotany usuwa się ze wody podczas regularnych zmian wody. Rośliny i glony wykorzystują azotany jako pożywkę.
Zmiany wody
Nawet w zdrowym zbiorniku należy zmieniać około 15% objętości wody miesięcznie, aby usunąć nadmiar azotanów i azotynów. W przypadku problemów z nadmiernymi poziomami tych związków lub obecnością amoniaku można zmienić więcej wody, ale nie powinno się wymieniać więcej niż 30% objętości naraz, chyba że akwarium "krachuje" (ryby pływają brzuchami do góry).
Zespół nowego akwarium
"Zespół nowego akwarium" występuje, gdy usunie lub wymieni element zawierający dużo korzystnych bakterii – np. podłoże akwarium lub gąbkę filtra mechanicznego – na nowe materiały pozbawione bakterii. W efekcie cykl azotowy zostaje przerwany, a amoniak nie jest prawidłowo przekształcany w azotany.